Los Yo-Kai son seres invisibles que provocan conflictos y traen problemas. Uno de ellos, Whisper, regala a Nathan un reloj mágico con el que puede localizarlos. Nathan comienza a solucionar los problemas que encuentra a su alrededor tratando de convencer a los Yo-Kai para que dejen de comportarse mal y a cambio sean sus amigos. ¡Nathan sigue aprendiendo acerca del mundo de los Yo-Kai a medida que consigue nuevas medallas de amistad!