És l'hora de conèixer en Kaworu Nagisa! Amb l'Asuka incapacitada per pujar a l'EVA, és necessari trobar un nou pilot per protegir els secrets de NERV. En Kaworu Nagisa entra en escena, pilotant amb mestratge, integrant-se en l'equip i sense esforç aparent, fins i tot fent-se amic d'en Shinji, que cada vegada està més confús amb la quantitat de secrets que descobreix.