Nabil Boutros utiliza diferentes medios de expresión artística, como pintura, escenografía, instalaciones y fotografía. Egipto y Oriente Medio han estado durante mucho tiempo en el centro de su trabajo de investigación. Como respuesta a sus propias preguntas, ha realizado grandes series fotográficas en las que aborda diferentes temáticas, como los rituales y la vida cotidiana de los coptos, la música popular en Egipto, los hamanes de Saná, en Yemen, la sociedad beduina de Jordania o la modernidad en Egipto.Desde 2006 aborda temáticas más globales y críticas, como la relación con la religión, el poder y los sistemas de información, en forma de instalaciones, intervenciones en el espacio público o vallas publicitarias.