Ambientada en el otoño de 1980, Münsterlingen en otoño cuenta la historia de Lita Font, pintora española de vanguardia residente en Berlín que, tras una profunda crisis de depresión, acaba recluida en un sanatorio de Suiza. Allí conoce a Silvia Schmidt, la joven terapeuta que se encargará de tratarla. En un principio las mujeres chocan por sus respectivas personalidades: mientras el carácter de Lita es explosivo y caprichoso, el de Silvia es ordenado e introspectivo. Sin embargo, después de los primeros impasses, entre ellas se establece una breve pero intensa relación que va más allá de la que debería existir entre médico y paciente.