El presente texto es el manual de la asignatura "Métodos y Técnicas para el Estudio de la Filogenia" que se imparte en el Máster de Biodiversidad de la Facultad de Ciencias de la Universidad Autónoma de Madrid. El manual reúne los principales contenidos de la asignatura y va dirigido a alumnos de Máster interesados en las relaciones filogenéticas de los organismos. No se requiere tener conocimientos previos amplios sobre la materia ya que es un manual de iniciación a la investigación científica. Los capítulos (1-3) son más teóricos, mientras que los siguientes (4-10) permiten guiar el trabajo durante las sesiones prácticas. Incluyen las explicaciones necesarias, detalladas punto por punto, acerca de los pasos que los alumnos deben seguir. El manual incluye un glosario de términos útiles de la disciplina.