Batou comienza sus actividades en la Unidad de Intervención Blindada bajo el mando de Motoko. Su primera misión es la investigación de un atentado terrorista durante una reunión secreta de una empresa de abastecimiento de agua. También tiene lugar una explosión en una presa, de cuya investigación se encarga Togusa. Detrás de ambos incidentes planea la sombra de Scylla, líder de la guerrilla separatista qhardi al que se creía muerto.