Finis Mundi cuenta la historia de Michel, un joven monje de catorce años que descubre en su monasterio unos pergaminos que profetizan la llegada del fin del mundo para el año 1000. Estamos en el año 997 y la única manera de evitar la catástrofe es reunir tres amuletos mágicos, los tres Ejes del Tiempo, repartidos por toda Europa. Cuando su monasterio es destruido, Michel decide emprender la titánica búsqueda. Por suerte, no estará solo: Mattius, un juglar cínico y aventurero, se ofrecerá a acompañarle, junto con su perro Sirius, y juntos emprenderán un largo viaje lleno de peligros; a ellos se unirá más adelante Lucía, una chica que quiere ser juglaresa... pero no todo es tan sencillo. La Cofradía de los Tres Ojos, cuyos líderes los espían desde la sombra, quiere encontrar los Ejes del Tiempo a toda costa...