Els orfes que integren l Acadèmia, dirigida per la jove Sofia Hipàtia, fan servir una revolucionària forma de pensar, basada en la filosofia, que els permet trobar pistes noves per descobrir el criminal més buscat. Una inquietant figureta de paper feta amb la tècnica de l origami apareix al costat del cadàver d un capità de vaixell. Ara bé, el cos no presenta signes de violència i la policia descarta que sigui un assassinat. Només els pensadors de l agència FILO & SOFIA es plantegen que el fet és sospitós. Tràgicament, les seves sospites aviat es fan realitat