En el segundo tomo, Rubio Mañé hace el recuento de conspiraciones, tumultos y atentados contra los virreyes, grosso modo: la conspiración del marqués del Valle de Oaxaca, el atentado contra el virrey Duque de Albuquerque, y la agresión al virrey Marqués de Valero. También narra los problemas de expansión y defensa de la Nueva España como la guerra contra los chichimecas, la conquista de la Florida, la invasión francesa en el norte de Nueva España, y la conquista de California.