"El químico escéptico" es una de la obras más importantes de la historia de la química; en ella Boyle expone su hipótesis de que la materia está formada por átomos y combinaciones de átomos, siendo todo fenómeno resultado de su movimiento y negando así que la materia esté formada sólo por cuatro elementos como afirmaba la alquimia. Además expone la independencia de la química como ciencia y la necesidad de comprobar experimentalmente todas las hipótesis antes de ser consideradas verdaderas.