En aquest treball s'estudia la flora i la vegetació dels aiguamolls de l'Alt Empordà, una de les zones humides més destacades del nord-est peninsular. El catàleg florístic del territori inclou la recopilació de les citacions bibliogràfiques i de plecs d'herbari provinents d'estudis anteriors, així com les dades obtingudes en les prospeccions de camp portades a terme entre els anys 1995 i 1999. Es descriu la distribució i l'hàbitat de les més de mil espècies del territori, i l'abundància i la presència d'aquestes espècies dins dels límits de l'espai protegit pel Parc Natural dels Aiguamolls de l'Empordà. Algunes d'aquestes espècies només es troben dins la zona d'estudi, o bé se n'hi localitzen les principals poblacions. D'altres hi arriben en una posició marginal respecte de les àrees de distribució generals. Finalment, cal destacar un tàxon, Silene sennenii, que és endèmic de la zona occidental del territori i els voltants. La vegetació del territori s'estudia a partir d'un enfocament fitosociològic, prenent com a base els inventaris de la vegetació elaborats també entre 1995 i 1999. Destaquen, per la seva diversificació, la vegetació aquàtica i higròfila, la vegetació halòfila i les formacions arvenses i ruderals.