Cada año, la Academia de élite Hope s Peak matricula únicamente a los 14 mejores estudiantes más uno elegido al azar. Makoto Naegi es esa afortunada persona, O eso es lo que él cree! Nada más entrar en su clase se da cuenta de que está compuesta por gente bizarra y excéntrica, bajo las implacables normas del director, un oso Teddy robot llamado Monokuma. Esto es así: la única forma de graduarse de Hope s Peak es no sólo asesinando a otro estudiante sino que, además, no ser descubierto, ya que cada asesinato es examinado por un tribunal y si descubre al culpable, lo ejecutan.