Canfranc fue un lugar estratégico en la Segunda Guerra Mundial. Cientos de europeos escaparon en el tren de la libertad del genocidio nazi, como los pintores Max Ernst y Marc Chagall, hasta que las tropas del Tercer Reich ocuparon toda Francia en noviembre de 1942 e izaron la bandera con la cruz gamada en la estación internacional. Este municipio pirenaico fue el único que los alemanes invadieron en su parte francesa, aunque España era neutral en la contienda.

La llegada de los nazis provocó la detención de 272 extranjeros que intentaban fugarse, y fueron encarcelados en la Torre del Reloj hasta el verano de 1944. Los militares germanos vigilaban el tráfico del oro que Hitler robó en bancos de Europa y en los campos de concentración a cambio del wolframio para blindar las armas, que vendían los dictadores Franco y Salazar. Los espías aliados se instalaron en la frontera, como el jefe de la aduana francesa, Albert Le Lay, y exiliados de Canfranc en el valle del Aspe contribuyeron a la derrota de los alemanes en esta zona.