Urgain permanece bajo las aguas: el pueblo que un día fue, con sus gentes y sus historias, ha sido engullido por un pantano, construido en nombre del progreso pero impulsado por la sed de dinero. Sin embargo, al igual que casas y plazas, piedras y calles salen a la luz en tiempos de sequía, así reviven sus recuerdos y vivencias las personas que allí vivieron. Juan Mari Irigoien recrea en Aguas limpias, aguas turbias la vida de un pueblecito navarro con sus montes y ríos, su iglesia y su escuela, sus costumbres y anécdotas; sin embargo, por encima de la geografía, las personas son las verdaderas protagonistas de esta novela: mujeres y hombres con sus penas y alegrías, sus ilusiones y frustraciones, y la permanente lucha por la vida, la auténtica vida.