Jugant-se la supervivència de la Humanitat, Nagate Tanikaze pilota la seva armadura platejata, el Tsugumori. Fa mil anys, els Gauna van destruir el Sistema Solar. El Sidonia, una gegantesca nau de transport de llavors, viatja per l'espai mantenint la propagació i reproducció de l'ésser humà. Nagate Tanikaze, un noi que es va criar en els nivells més baixos de la nau, es converteix en cadet de pilot de Guardià i rep el permís per pilotar el Tsugumori, una màquina que, malgrat ser d'anterior generació, gaudeix de fama històrica. S'obre el teló d'una lluita en la qual Nagate es juga la vida.