El detectiu més famós de Japó, el jove Shinichi Kudo, presencia un intercanvi sospitós entre uns homes vestits de negre. Després de descubrilo, Shinichi és atacat per un d'aquests mafiosos, i li administren un verí amb la finalitat de matar-ho.
No obstant això el verí té un efecte inesperat: el cos de Shinichi passa a convertir-se en el d'un nen de 7 anys.Ara, fent-se cridar Conan Edogawa i ocultant la seva veritable identitat amb tal de protegir als seus i a ell mateix dels Homes de negre, el jove detectiu es trasllada a casa el seu pare: el detectiu Kogoro Mouri.
Cap d'ells sap que Conan és, en realitat, Sinichi i aquest utilitzarà el seu secret per resoldre els casos del propi Mouri sense que ningú ho sàpiga.