Convertido en el pacífico profesor universitario David Webb, Jason Bourne debe recuperar su talento como agente secreto de alto nivel para dilucidar el homicidio de un ex alumno de su amigo y mentor, el profesor Specter. Al parecer, el joven ha muerto a manos de la Legión Negra, una hasta el momento desconocida secta musulmana  relacionada con los días más oscuros de la segunda guerra mundial. Entre los planes de la Legión Negra figura un atentado en los Estados Unidos, lo que pone a la organización en la mira de las organizaciones de inteligencia, también muy interesadas en librarse para siempre de la incómoda presencia de Bourne. Mientras su investigación lo lleva de los elegantes despachos de Washington a los recovecos más siniestros de las ex repúblicas soviéticas, Bourne debe enfrentarse también a Leonid Arkadin, su archienemigo y un agente secreto tan hábil, y tan torturado, como él mismo.