Convertit en el pacífic professor universitari David Webb, Jason Bourne ha de recuperar el seu talent com a agent secret d'alt nivell per dilucidar l'homicidi d'un ex alumne del seu amic i mentor, el professor Specter. Pel que sembla, el jove ha mort a les mans de la Legió Negra, una fins al moment desconeguda secta musulmana  relacionada amb els dies més foscos de la segona guerra mundial. Entre els plans de la Legió Negra figura un atemptat als Estats Units, la qual cosa posa a l'organització en la mira de les organitzacions d'intel·ligència, també molt interessades a lliurar-se per sempre de la incòmoda presència de Bourne. Mentre la seva investigació ho porta dels elegants despatxos de Washington als recovecos més sinistres de les exrepúbliques soviètiques, Bourne ha d'enfrontar-se també a Leonid Arkadin, la seva archienemigo i un agent secret tan hàbil, i tan torturat, com ell mateix.