Uno de los retos de mayor relevancia para las ciencias ambientales y para la ecología, consiste en comprender las relaciones que presentan los organismos y su entorno. En la actualidad se cuenta con algunas herramientas numéricas y estadísticas de mucha precisión y fiabilidad, pero el desafío está en cómo abordar la variabilidad de escenarios del ambiente, al igual que su efecto sobre los diferentes atributos de las especies. La complejidad del análisis radica en que es posible contar con numerosas variables representadas por diversos organismos y/o por atributos de su ambiente abiótico. Es así como se requiere contar con herramientas que permitan presentar y analizar los patrones, ya sea de forma tabular (matricial) o gráfica (visualización de los datos). En este orden de ideas, la estadística multivariada ofrece formas de abordar la complejidad de este tipo de análisis. El siguiente reto consiste en seleccionar la mejor técnica o grupo de ellas que se ajusten a los patrones multivariados de nuestros datos, así como la elección de una herramienta o programa estadístico, dentro de diversas opciones disponibles. El presente libro, titulado Análisis de Datos Ecológicos y Ambientales. Aplicaciones con el Programa R, propone una estructura organizada, partiendo de las generalidades del programa R, continuando con la exploración y visualización de datos multivariados, incluidas las estandarizaciones y las transformaciones de las variables, para luego implementar técnicas de ordenación y de clasificación multivariada que, a su vez, finalizan en pruebas de hipótesis paramétricas y permutaciones (no paramétricas), todo ello con la aplicación del programa R, debido a su gran flexibilidad, solidez y trayectoria contrastada para guiarnos en este tipo de escenarios. Sumado a ello se podrá acceder a todos los códigos y bases de datos utilizadas en los diferentes ejemplos y ejercicios propuestos. Este documento no se enfoca en los aspectos matemáticos de las técnicas multivariadas, sino en la aplicación de la herramienta computacional para el análisis y la visualización de datos, que soportan investigaciones en temas ecológicos y ambientales. Incluye archivos .r que dan soporte al libro