Cuando estalló el golpe de estado de 1936, el padre Huidobro se encontraba preparando su doctorado en la Universidad de Friburgo bajo la dirección del filósofo nazi Martin Heidegger. Tras obtener el permiso de sus superiores, y como tantos otros jesuitas, se presentó ante Franco y Yagüe para ofrecer sus servicios como capellá, que finalmente serían empleados en la 4ª Bandera de la Legión. Como respuesta a los incontables crímenes de guerra que presenció ( un corresponsal de guerra portugués, afín a la causa golpista, hablaría de fusilamientos de grupos de «hasta cien personas», incluidos prisioneros, civiles y hasta algunas mujeres), Huidobro redactó unas «normas de conciencia» sobre la aplicación de la pena de muerte con las que pretendía regular la «guerra de exterminio» emprendida por el ejército de África y las elevó a oficiales, generales y hasta el mismísimo Franco. Algunos meses después, murió en el frente en extrañas circunstancias.